AfterEffects CS3のJavaScriptは非常に高機能なため他のAdobeソフトと比べて、できないことが少ないのが特徴です。他のAdobeソフトでは不可能なネットワーク通信やAfterEffects CS3自体がサーバーとして機能するといったこともできます。それでもAfterEffects CS3のJavaScriptでは以下のようなことはできません。
・AfterEffects側で用意した機能（オブジェクト）以外のもの
これはAfterEffectsで、その機能があるからといってJavaScriptで、その機能を利用できない場合があります。ただし、外部プログラムを呼び出すなどの方法で対処できる場合があります。（例えばアニメーション制作ソフトのRETAS!のファイルを解析して、そのデータをAfterEffectsで読み込み配置するなど。）
・エフェクト効果
一般的なプラグインでのエフェクト（ピクセル単位のエフェクト処理）はできません（Photoshopでは制限付きながら可能です。
「プロとして恥ずかしくないJavaScriptの大原則」で解説／収録されています）。
AfterEffects CS3のJavaScriptでできることは以下のようなものがあります。
・自動配置処理
・データベースとの連携
・手作業では時間のかかる複雑な処理
・ファイル処理
・任意の外部アプリケーションの起動
また、AfterEffects CS3ではGUIオブジェクトが用意されているため、通常のダイアログウィンドウを生成して違和感のないインタフェースを利用し処理させることができます。
任意の外部アプリケーションの起動は、起動するアプリケーションがネットワーク上（Sambaネットワーク）にある場合には、期待通りに動作しない場合があります。
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