AfterEffects CS6には以前からExpression（エクスプレッション）という機能があります。このExpressionも基本的にはJavaScript (ECMA Script) です。このサイトで説明しているJavaScriptとExpressionは、何が違うのでしょうか。それは制御する対象の違いになります。
Expressionはタイムラインに配置されたレイヤーをスクリプトで制御するためのものです。これに対してこのサイトで説明しているJavaScriptはAfterEffects CS6全体を制御するものです。つまりExpressionよりも制御できる対象が広いのです。もちろん、JavaScriptからExpressionを生成することもでき、応用範囲も広くなります。
このためExpressionと比べると、難易度は高くなりプログラミング能力が必要になってきます。プログラミングに関しては非常に多くの書籍が出ていますが、実際にAfterEffectsで利用する、活用することができるものは、ほぼ皆無と行ってもいいかもしれません。多少使えるものとしてはアルゴリズムを解説している書籍になります。しかし、このような書籍はC言語またはJava言語で解説されているため、それをAfterEffects用に変換して書き直すのは難しいでしょう。
何でもかんでもJavaScriptで処理すれば楽になるわけではありません。Expressionと併用したり、自動的にキーを入力する（キーマクロ）ものなど、他に手軽にできるものがあれば、先にそれらを検討、活用すべきです。JavaScriptでAfterEffectsを制御するのは、最終的な方法だと思っても良いでしょう。
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