・ネットワークに関する処理
処理が終了したらメールで知らせる、Webからデータをダウンロードしてきて、それを元にしてレイアウトするといったことは単独ではできません。単独では、と書いたのには理由があります。外部にプログラムを用意し、それを呼び出す事で可能になるためです。ただし、データの受け渡しに関してはファイルもしくはクリップボードなどを利用するようにしたり、同期を取るためにalert()などで処理が終わったのをユーザーに確認してもらうなど何らかの対処が必要になります。
・OS (MacOS/Windows)やハードウェアに依存した処理
OS固有の機能などを利用することはできません。（これも外部プログラムやAppleScriptなどと組み合わせれば不可能ではありません）
Illustrator CS2のJavaScriptでできることは以下のようなものがあります。
・自動レイアウト処理
・データベースとの連携
・手作業では時間のかかる複雑な処理
・PDFなど各種画像ファイルの生成
・ファイル処理
・簡単な画像処理（ピクセルを操作するもの）
・任意の外部アプリケーションの起動
MacOS X TigerではAutomatorと組み合わせることで、より強力な処理を行う事ができます。