InDesign CSのJavaScriptでは以下のようなことはできません。
・ネットワークに関する処理
処理が終了したらメールで知らせる、Webからデータをダウンロードしてきて、それを元にしてレイアウトするといったことは単独ではできません。単独では、と書いたのには理由があります。外部にプログラムを用意し、それを呼び出す事で可能になるためです。ただし、データの受け渡しに関してはファイルもしくはクリップボードなどを利用するようにしたり、同期を取るためにalert()などで処理が終わったのをユーザーに確認してもらうなど何らかの対処が必要になります。
・OS (MacOS/Windows)やハードウェアに依存した処理
OS固有の機能などを利用することはできません。スキャナから自動的に読み込んで処理させることはできません。（これも外部プログラムを利用すれば不可能ではありません）
・InDesign側で用意した機能（オブジェクト）以外のもの
これはInDesignで、その機能があるからといってJavaScriptで、その機能を利用できない場合があります。ただし、外部プログラムを呼び出すなどの方法で対処できる場合があります。
InDesign CSのJavaScriptでできることは以下のようなものがあります。
・自動レイアウト処理
・データベースとの連携
・手作業では時間のかかる複雑な処理
・PDF生成
・ファイル処理
・任意の外部アプリケーションの起動