InDesign CS2では以前のバージョンと異なり、日本語の文字コードはUnicode (UCS-2)だけでなくUTF-8, SHIFT JISも扱う事ができるようになっています。もし、InDesign CSでも動作させるプログラムを書くのであればUnicode (UCS-2) にする必要があります。
InDesign CSのJavaScriptの拡張子は.jsでしたが、CS2では.jsxでも動作します。CS2からはAdobeソフト間でJavaScriptの拡張子が統一され.jsxになっていますので、今後のことを考えれば.jsxにするのが良いでしょう。