InDesign CS3では以前のCS2と同じUTF-8の文字コードを使用しています。このUTF-8の文字コードであることを示すBOM (Byte Order Mark) が付加されているのがベストです。これは付属のExtend Script Toolkit 2を使えば気にする必要はありません。
もし、最初のバージョンであるInDesign CSでも動作させるプログラムを書くのであればUnicode (UCS-2) にする必要があります。
InDesign CSのJavaScriptの拡張子は.jsでしたがCS2以降では.jsxでも動作します。CS2以降からAdobeソフト間でJavaScriptの拡張子が統一され.jsxになっています。InDesign CS3の場合は拡張子は.jsxにしておきます。これもExtend Script Toolkit 2を使えば気にする必要はありません。