CSではJavaScriptプログラムを制作、実行、デバッグできるExtendScript Toolkit 2が付属しています。InDesign CS3からスクリプトを実行するだけでなく、ExtendScript Toolkitからも実行することができます。この場合、実行するアプリケーション名InDesign CS3を選択してから再生ボタンを押します。
ExtendScript Toolkit 2でスクリプトを作成した場合、文字コードは自動的にUTF-8 (BOM:Byte Order Mark) になります。
スクリプト制作で不具合が発生した場合、ExtendScript Toolkit 2を使ってデバッグすると解決が早いかもしれません。