説明
ブラウザ上にPDFが表示されており、PDF上のボタンクリック等によりブラウザウィンドウを閉じるにはapp.launchURL()を利用します。最初のパラメータにjavascript:self.window.close()を指定します。2番目のパラメータは何も指定しないかfalseを指定します(これは別ウィンドウで開くかどうかのフラグです)。この動作はWindows版のIEでは動作しますが(IE7は未確認)、Safariなど他のブラウザでは警告メッセージがブラウザ上に表示されます。
app.launchURL("javascript:self.window.close()");