Photoshopで指定したレイヤー効果が正しく反映されない

反映されない可能性があるので画像を統合してから読み込むようにする

レイヤーメニューから「画像を統合」を選択します。別名で保存して、そのPSDファイルをAfterEffectsで読み込むようにします。大量にファイルがある場合には、バッチ処理を使えば簡単にできます。